Je suis post-doctorant dans l’équipe Sexe et Spéciation de l’ISEM. Je travaille en génomique évolutive et génomique de la conservation.
J’ai une formation en biochimie et je me suis formé très tôt à la bioinformatique et à l’analyse de séquences. Mes premiers travaux portaient sur la transcriptomique et l’expression des gènes. En 2014, j’ai rejoint le CIBIO-InBIO (Portugal) et je me suis orienté vers la spéciation et la génomique des populations. Depuis, je travaille surtout avec des données de génomes complets : assemblage et annotation de génomes, structure des populations et analyses basées sur les SNP.
J’ai fait ma thèse en cotutelle entre l’Université de Porto et l’Université de Montpellier, et je l’ai soutenue en 2022. Pendant ma thèse, j’ai étudié comment la sélection naturelle et les flux de gènes participent à la formation des espèces. J’ai utilisé les lièvres et les souris comme modèles et j’ai comparé plusieurs zones hybrides avec différents niveaux de divergence, d’introgression et de différenciation écologique.
Aujourd’hui, j’utilise la génomique des populations et la génomique comparative pour comprendre comment la divergence, la sélection et l’introgression façonnent la biodiversité chez des espèces non-modèles. Mes principaux thèmes sont :
* l’hybridation et l’introgression, dont l’introgression mitochondriale et les interactions mito-nucléaires (par exemple chez les lièvres et les libellules)
* l’évolution moléculaire des gènes de l’immunité et la susceptibilité aux maladies dans les populations sauvages
* les génomes de référence et les pangénomes pour la recherche sur la biodiversité
Je participe au European Reference Genome Atlas (ERGA) et à Biodiversity Genomics Europe (BGE). Je suis coordinateur exécutif du nœud portugais (ERGA-PT) et co-responsable d’une étude de cas BGE sur la susceptibilité à la myxomatose chez les lièvres ibériques.
Je co-encadre des doctorants qui travaillent sur la co-introgression mito-nucléaire et sur la génomique des populations de requins. Je suis aussi très engagé dans la diffusion scientifique. Je coordonne un programme de longue durée avec un lycée local, où les élèves participent à des projets pratiques en génomique et en santé de la faune sauvage.