Jeune agrégé, Louis Thaler séjourne en 1956-1957 au Département de géologie et de paléontologie de l’American Museum of Natural History, où il côtoie George G. Simpson, l’un des concepteurs de la théorie synthétique de l’évolution. Saisissant la portée scientifique de cette synthèse, il se convainc de la nécessité de décloisonner les disciplines pour mieux appréhender l’évolution biologique.
Dans les années 1960, il fonde et développe le service de paléontologie des vertébrés à la Faculté des Sciences (qui deviendra l’Université des Sciences et Techniques du Languedoc (USTL) en 1969), avec le soutien décisif de René Lavocat, spécialiste des rongeurs fossiles à l’École Pratique des Hautes Études (EPHE). L. Thaler introduit alors les techniques de lavage-tamisage acquises lors de son séjour aux États-Unis, ouvrant la voie à une véritable révolution méthodologique dans l’étude des microvertébrés fossiles. Dès lors, l’équipe produit de nombreux travaux majeurs sur les lignées évolutives de rongeurs, avec des retombées déterminantes pour la biostratigraphie. Le succès de ces recherches est tel qu’il permet, dès 1971, l’association du Laboratoire de paléontologie des vertébrés au CNRS (secteur Sciences de la Terre).
Devenu professeur, L. Thaler renoue avec son ambition d’intégrer les sciences de l’évolution. Il propose en 1974 à Nicole Pasteur, jeune généticienne recrutée deux ans plus tôt au CNRS, dans le laboratoire de Ernest Boesiger à l’USTL, de le rejoindre pour créer un laboratoire d’électrophorèse pour l’étude des rongeurs. Elle accepte, à la condition de poursuivre ses recherches récentes et prometteuses sur la résistance aux insecticides chez le moustique. Cela est rendu possible par le rattachement temporaire de N. Pasteur au Laboratoire d’écologie médicale et de pathologie parasitaire du professeur Jean-Antoine Rioux à la Faculté de Médecine.
Cette dynamique se renforce avec la création en 1975 par N. Pasteur et L. Thaler, du Laboratoire d’électrophorèse du CEREM (Centre de Recherche sur l’Évolution et ses Mécanismes) aux côtés du Laboratoire de paléontologie, bientôt rejoints en 1977 par le Laboratoire d’écologie monté par Henri Croset, venant également du laboratoire J.-A. Rioux.
Dans les années 1970, la génétique évolutive est une discipline émergente, encore peu développée dans les laboratoires montpelliérains. Au fait des travaux de génétique des populations par l’électrophorèse des protéines, développées après 1966, L. Thaler comprend l’intérêt de ces nouvelles méthodes pour confronter les approches dites « verticales » (mode et tempo de l’évolution au travers des lignées fossiles) avec des approches « horizontales » (diversité intra- et interspécifique, concept d’espèce) lui permettant d’appréhender le contenu biologique des lignées évolutives.
C’est donc autour du modèle rongeur que L. Thaler souhaite articuler cette convergence, mais la volonté de N. Pasteur de poursuivre ses recherches sur la résistance aux insecticides chez le moustique va élargir le champ des investigations du nouveau laboratoire. Dès sa création, le Laboratoire d’électrophorèse s’engage ainsi sur une double voie : celle de la compréhension des mécanismes évolutifs, et celle de la diversité des modèles biologiques, deux orientations fondatrices du futur succès de l’ISEM. Parallèlement, la diversification des modèles s’est aussi clairement imposée dans les recherches en paléontologie tant d’un point de vue taxonomique (rongeurs, primates, chiroptères, artiodactyles, sélaciens, etc.) que spatio-temporel.
L’orientation « rongeurs » du nouveau laboratoire d’électrophorèse se concrétise avec l’arrivée de deux jeunes chercheurs aux côtés de N. Pasteur : Janice Britton-Davidian et François Bonhomme. Leurs travaux sur les processus évolutifs chez les souris enrichissent l’outillage conceptuel et méthodologique du laboratoire, et marquent le début des approches cytogénétique et moléculaire de l’évolution qui se développeront ensuite à l’ISEM.
Au début des années 1970, l’étude de l’évolution à l’USTL repose principalement sur les paléosciences — paléontologie, paléobotanique et palynologie. Un tournant s’amorce en 1972 avec la création, par Ernest Boesiger (CNRS, venu de Gif-sur-Yvette), du Laboratoire de génétique expérimentale des populations, qui ouvre la voie au recrutement de N. Pasteur au CNRS dès les premiers mois de son activité. Plus tôt en 1966, le CNRS crée le Centre de Recherches de Biochimie Macromoléculaire (CRBM), dirigé par Émile Zuckerkandl, père de l’horloge moléculaire, qui hébergera les travaux d’électrophorèse de N. Pasteur lorsqu’elle aura quitté le laboratoire d’E. Boesiger en 1974. Le Centre d’Études Phytosociologiques et Écologique du CNRS (CEPE, devenu Centre d’Écologie Fonctionnelle et Évolutive (CEFE) en 1989), créé en 1961, héberge une petite équipe de génétique écologique animée par Georges Valdeyron de l’École Nationale Supérieure d’Agronomie de Grignon, travaillant sur le figuier et le thym.
En 1972, la création du CEREM (Centre d’Études et de Recherche sur l’Évolution et ses Mécanismes) marque une étape clé dans la structuration pluridisciplinaire des sciences de l’évolution à Montpellier. Le CEREM dirigé par L. Thaler fédère des équipes de l’USTL, de l’EPHE et du CNRS en paléontologie, paléobotanique, palynologie, génétique, écologie, biogéographie ou encore biologie des organismes, et se dote d’une bibliothèque spécialisée, ressource centrale pour la communauté, puis en 1975 du Laboratoire d’électrophorèse du CEREM.
En 1973, les « séminaires sandwich » sont lancés : à l’heure du déjeuner, ils rassemblent l’ensemble de ces équipes montpelliéraines investies dans l’étude de l’évolution. Les chercheurs s’y retrouvent régulièrement, faisant de ces rencontres la première plateforme d’échanges scientifiques autour de l’évolution. Ces séminaires deviendront les « réunions du mardi » en 1982, puis les « Séminaires en Écologie et Évolution de Montpellier » (SEEM), toujours actifs un demi-siècle plus tard… toujours à l’heure du déjeuner !
À la fin des années 60, L. Thaler pose un nouveau jalon avec la création du DEA de « Paléontologie ». Dans les toutes premières promotions, on trouve Henri Cappetta (DEA 1967-1968) et Jean-Pierre Suc (DEA 1969-1970) qui deviendront respectivement paléontologue et palynologue au CNRS affectés à l’ISEM. Cette formation devient en 1978 le DEA « Paléontologie, biosystématique et évolution », ancêtre direct du parcours de master Darwin, qui ancre durablement l’évolution dans les formations montpelliéraines.
En 1980, un an avant la création de l’ISEM, le Laboratoire d’évolution des vertébrés (Laboratoire Associé au CNRS (LA 299)) rassemble les équipes de paléontologie, de génétique et d’écologie. Il est rejoint temporairement par une équipe de socio-écologie dirigée par Pierre Jouventin (CNRS), initialement destinée à intégrer la composante écologie, mais qui ne restera que brièvement dans cette dynamique (1978-1985). Parallèlement, le Laboratoire de paléobotanique et évolution des végétaux fondé à l’USTL par Louis Grambast (1927-1976) puis dirigé par Jean Galtier, et celui de palynologie, créé et dirigé par Madeleine Van Campo, partagent avec le Laboratoire d’évolution des vertébrés une approche intégrant du matériel actuel et fossile. Fort de cette convergence méthodologique, et dans un contexte rendu propice par ses fonctions de président de l’USTL entre 1978 et 1983, L. Thaler fonde en 1981 l’Unité de Recherche Associée au CNRS (URA 327), baptisée Institut des Sciences de l’Évolution de Montpellier (ISEM), en rassemblant ces trois laboratoires.
À sa création, l’ISEM se restructure en six équipes : paléontologie des vertébrés (dirigée par L. Thaler), génétique (Nicole Pasteur), paléobotanique (Jean Galtier), palynologie (M. Van Campo), écologie (Henri Croset) et socio-écologie (P. Jouventin). Selon L. Thaler, l’interdisciplinarité devait se conjuguer sur la base d’équipes hautement qualifiées chacune dans leur secteur. Ce regroupement permet une reconnaissance officielle par l’université, le CNRS et l’EPHE de la nécessité d’associer les recherches sur les organismes actuels et fossiles pour mieux comprendre les mécanismes de l’évolution.
L’ISEM est rejoint, au milieu des années 1980 par le Laboratoire d’écologie tropicale de Francis Hallé. En 1985, à l’invitation de L. Thaler, Bernard Delay, alors chercheur CNRS à Moulis, rejoint l’ISEM. Quatre ans plus tard, il en devient le premier directeur adjoint. La suite de la carrière de B. Delay le conduira à diriger le CEFE à partir de janvier 1996, puis à fonder en 2005 le département « Environnement et Développement Durable » (EDD) du CNRS, qui évoluera en 2010 en « INstitut Écologie et Environnement » (INEE), avant de devenir « CNRS Écologie et Environnement » en 2023. De 2013 à 2021, l’INEE sera dirigé par Stéphanie Thiébault qui, jeune anthracologue, avait réalisé sa thèse et été recrutée à l’ISEM en 1988, dans l’équipe de Jean-Louis Vernet.
En 1983, un financement de l’Action Thématique Prioritaire CNRS-CNEXO (CNEXO est l’ancien nom de l’Ifremer) sur les bases biologiques de l’aquaculture permet à N. Pasteur et à son groupe de développer rapidement le Laboratoire de génétique de l’ISEM. De 1982 à 1986, L. Thaler, alors président de la section 32 du Comité national CNRS (Biologie des Populations et des Écosystèmes), promeut activement auprès de la communauté nationale (et au-delà), l’usage des outils génétiques pour étudier les relations entre populations et espèces. L’ISEM devient ainsi un pôle majeur de l’étude du polymorphisme génétique sur une grande diversité d’organismes : rongeurs, poissons, reptiles, insectes, mollusques, crustacés, etc. Plusieurs modèles deviennent emblématiques des débuts de la biologie évolutive en France : radiation évolutive chez les souris, résistance aux insecticides chez les moustiques, systèmes de reproduction des gastéropodes d’eau douce, biogéographie des poissons. La décennie 1980 marque à l’ISEM – comme dans la communauté scientifique internationale – le temps fort de la controverse entre neutralisme et sélectionnisme, débat qui imprègne nombre des modèles étudiés.
Malgré une faible interaction initiale entre équipes ou disciplines au sein de l’ISEM, certains modèles partagés, comme les souris, favorisent une dynamique commune. Le groupe de François Bonhomme, avec l’appui de Gérard Roizès du CRBM, introduit les premières analyses moléculaires (ADN mitochondrial, PCR), tandis que Janice Britton-Davidian explore la cytogénétique. En 1986, l’arrivée de François Catzeflis, formé chez Charles G. Sibley à Yale, introduit l’hybridation ADN-ADN. L’essor de la phylogénie moléculaire, en renouvelant notre représentation de l’évolution, favorise des échanges conceptuels féconds entre biologistes et paléontologues. Le dialogue entre actualistes et paléobotanistes constitue par ailleurs l’un des piliers de l’équipe de Palynologie dirigé par M. Van-Campo. En croisant données fossiles et observations modernes pour affiner l’interprétation pollinique, cette équipe développe des modèles de transfert végétation–climat qui renouvellent profondément les reconstitutions paléoenvironnementales du Quaternaire. Au sein de l’équipe de Paléobotanique, les groupes de Jean Galtier et de Jean-Louis Vernet, chacun leader dans sa discipline, se distinguent par l’étendue de leur couverture chronologique : de l’étude des premières fougères et plantes à graines du Carbonifère, apportant un éclairage nouveau sur l’évolution des écosystèmes terrestres primitifs, au développement de l’anthracologie pour restituer les paysages végétaux et les interactions homme–environnement au Quaternaire.
C’est en 1981 que le paléobotaniste John Holmes devient le premier membre de l’ISEM à recevoir une distinction du CNRS, avec l’attribution de la médaille de bronze. Le paléontologue Henri Cappetta est distingué à son tour en 1988. La première médaille d’argent décernée à un chercheur de l’Institut revient en 1987 à Nicole Pasteur, suivie, en 1989, par Jean-Jacques Jaeger.
Au début des années 1980, le terme de biodiversité n’existe pas encore, et les moyens dédiés à la recherche dans ce domaine sont limités. Frugalité et inventivité s’imposent alors comme des vertus essentielles. La créativité des techniciens et des ingénieurs de l’ISEM a été déterminante pour mener à bien les recherches avec les moyens du bord : production d’amidon pour les électrophorèses à partir de fécule de pomme de terre, réalisation manuelle des PCR faute de financement suffisant, fabrication artisanale de dispositifs expérimentaux (bacs d’électrophorèse, dispositifs de tests comportementaux, pièges à rongeurs, cages d’élevage de moustiques, colonnes acides pour les traitements en paléontologie, etc.) ou encore la mise au point de méthodes nouvelles, comme l’aéropalynologie. Fin 1982, l’équipe d’écologie accueille le premier ordinateur de l’ISEM, un TRS-80 (Tandy RadioShack) doté de 16 ko de RAM, marquant ainsi l’entrée de l’ISEM dans l’ère de l’informatique.
Parallèlement, en 1985, la disparition du DEA d’Écologie de l’USTL conduit à la création du DEA Sciences de l’Évolution et Écologie, renforçant ainsi l’articulation entre évolution et écologie dans la formation montpelliéraine, toujours sous la direction visionnaire de L. Thaler. Durant ces années, l’ISEM est un précurseur : comme seule unité mixte de recherche en évolution à l’Université, il occupe une position dominante pour la formation d’une première génération de chercheurs en biologie évolutive et en écologie, qui a essaimé sur l’ensemble de la communauté montpelliéraine et, au-delà, sur la communauté nationale. Plusieurs unités de recherche montpelliéraines ont, à un moment de leur histoire, été dirigées par un chercheur formé à l’ISEM. Jusqu’à aujourd’hui, l’ISEM héberge une forte proportion des enseignants-chercheurs relevant de l’actuel département Biologie-Écologie de l’Université de Montpellier et, depuis sa création, l’ISEM participe activement à la coordination des formations par la recherche, au cœur du dynamisme scientifique local.
En 1991, Louis Thaler quitte la direction de l’Institut. Il passe le flambeau à Jean-Jacques Jaeger, revenu deux ans plus tôt à l’ISEM pour en assurer la succession. Recruté comme assistant au Laboratoire de Paléontologie de la faculté des sciences de Montpellier en 1967, J.-J. Jaeger avait été nommé professeur à l’Université Pierre-et-Marie-Curie en 1979. Peu après ce passage de relais, L. Thaler prend la tête de la recherche et des études (section Sciences) à l’École Normale Supérieure (ENS) de Paris, mais revient à l’ISEM dès l’année suivante, le poste ne répondant pas à ses attentes. Durant les deux mandats de J.-J. Jaeger, l’ISEM, en pleine croissance, se réorganise en quatre départements réunissant chacun plusieurs équipes : Paléontologie, Phylogénie et Paléobiologie (dirigé par J.-J. Jaeger), Génétique et Environnement (Nicole Pasteur, puis Janice Britton-Davidian), Paléoenvironnements (Denis-Didier Rousseau, arrivant de Columbia University), Botanique, Paléobotanique et Paléontologie (Jean Galtier puis Raimund Feist), qui fonctionnera de 1994 à 2002.
Cette période est également marquée par des départs. À l’initiative de chercheurs de l’ISEM et avec l’appui du CNRS, deux projets d’unités de recherche autonomes voient le jour. En 1991, Jean-Louis Vernet crée l’Unité de Recherche Associée (URA) 1477 « Paléobotanique, Environnement et Archéologie », futur « Centre de BioArchéologie et d’Écologie » (CBAE). Ce projet, bénéficiant de locaux disponibles à l’Institut de Botanique et d’une dynamique propre, vise à développer avec plus de visibilité une activité à l’interface entre paléobotanique, écologie et archéologie. De son côté, François Bonhomme fonde en 1992 l’URA 1493 « Génome et Populations » qui évoluera au cours du temps en « Génome, Populations, Interactions et Adaptation » (GPIA). F. Bonhomme est en désaccord avec la direction de l’ISEM sur le projet de service commun de biologie moléculaire, qu’il juge très orienté sur le développement de la phylogénie moléculaire, en pleine expansion à l’époque, au détriment des besoins structurels manifestes des équipes de génétique historiques de l’ISEM. Il décide alors de créer sa propre unité, capable de promouvoir la biologie moléculaire évolutive dans un cadre indépendant. Ces deux unités, après des parcours remarqués, réintégreront l’ISEM : GPIA en 2007, le CBAE en 2015.
En 1996, Bernard Delay est nommé à la tête du CEFE. Afin de reconstituer l’équipe sur l’évolution des systèmes de reproduction fondée à l’ISEM, il est rejoint en 1999 par son groupe, dont Philippe Jarne, recruté à l’ISEM six ans plus tôt et qui prendra à son tour la direction du CEFE en 2011.
Au départ de J.-J. Jaeger de la direction de l’ISEM fin 1998, N. Pasteur prendra la tête de l’Institut jusqu’en 2006. Avec la professeure de paléontologie Monique Vianey-Liaud comme directrice adjointe, l’ISEM est alors dirigé par deux femmes.
Cette décennie est marquée par plusieurs avancées méthodologiques majeures qui transforment durablement les pratiques de recherche à l’ISEM. Sous l’impulsion de J.-J. Jaeger, l’unité obtient un financement pour construire le bâtiment 32 sur le campus Triolet, destiné à accueillir un service commun de biologie moléculaire. Animé par François Catzeflis, ce service devient un moteur du développement de la phylogénie moléculaire. Il joue un rôle clé dans le rapprochement entre approches moléculaires et paléontologiques, enrichissant la compréhension des relations évolutives entre taxons et de certaines modalités d’évolution. Pour la première fois, les équipes de paléontologie et de phylogénie moléculaire sont réunies dans un même département : « Paléontologie, Phylogénie et Paléobiologie ».
Trois autres innovations renforcent le dialogue entre actuel et passé. Le service commun de morphométrie, confié à Jean-Christophe Auffray, développe la morphométrie géométrique applicable aussi bien aux organismes actuels qu’aux fossiles, et propice à leur analyse conjointe. L’équipe de paléobotanique, avec le recrutement de Nick Rowe, introduit la biomécanique pour analyser l’évolution des formes de croissance des plantes. Enfin, la création à la fin des années 1990 d’un service de spectrométrie de masse des rapports isotopiques dont Ilham Bentaleb prend la responsabilité, permet une reconstitution fine des paléoenvironnements, et leur comparaison avec les écosystèmes actuels. Ce service fonctionnera une vingtaine d’années.
C’est aussi une période charnière pour les approches quantitatives et théoriques. En génétique moléculaire, la généralisation de la PCR permet d’étudier la variation génétique à des échelles inédites, via les mitochondries ou les microsatellites. Pour analyser les données populationnelles, Michel Raymond et François Rousset développent GenePop (1995), logiciel emblématique devenu la publication la plus citée de l’ISEM, et la troisième du site montpelliérain (chiffres 2025). En parallèle, la modélisation prend son essor en écologie et génétique évolutive, portée par l’arrivée en 1993 d’Isabelle Olivieri, première professeure de génétique des populations à l’Université, et le recrutement de François Rousset au CNRS. Ce champ se renforce encore avec l’arrivée de Michael Hochberg en 2000. Après avoir profondément réformé le Laboratoire de palynologie, Denis-Didier Rousseau soutient l’arrivée en 1999 de Dominique Jolly, qui développe à son tour la modélisation pour les reconstitutions paléoenvironnementales, notamment tropicales.
Cette dynamique s’accompagne d’une reconnaissance nationale des membres de l’ISEM (présents, futurs ou anciens membres) : médailles de bronze du CNRS pour Michel Raymond (1991) et Philippe Jarne (1994) et médailles d’argent du CNRS pour François Bonhomme (1996), Michael Hochberg (1997) et Michel Raymond (1998).
En 1989, l’Université des Sciences et Techniques du Languedoc (USTL) devient officiellement l’Université Montpellier 2 (UM2), appellation qu’elle conserve jusqu’à sa fusion avec Montpellier 1 en 2015 pour former l’actuelle Université de Montpellier. Cette même année, l’UM2 adopte de nouveaux statuts instaurant douze départements de recherche, dont le département Biologie-Évolution-Environnement (BEE) monté par Louis Thaler et Michel Amanieu, dirigé par ce dernier en 1991, puis par Bernard Delay (1991–1995) et Nicole Pasteur jusqu’aux années 2000. Structure strictement universitaire, BEE regroupe les laboratoires de l’UM2 dans ces domaines, au premier rang desquels l’ISEM, mais aussi ceux de M. Amanieu, F. Bonhomme, J.-L. Vernet ou Jean-Paul Trilles. Les grandes unités extérieures à l’UM2, comme le CEFE, ne seront officiellement intégrées qu’au début des années 2000, lorsque l’université en deviendra co-tutelle. Ce département joue un rôle majeur dans la structuration de la recherche en biologie évolutive et en écologie à Montpellier. Précurseur du pôle thématique « Agriculture, Environnement, Biodiversité » (AEB) de l’Université de Montpellier, BEE permet d’harmoniser les stratégies scientifiques des unités de l’UM2 : profils de postes, répartition des personnels, gestion des locaux, accompagnement des jeunes recrues, classement des projets pour les financements universitaires et régionaux.
En 1999, le CEFE, l’ISEM, associés à GPIA (dirigé par F. Bonhomme) et au CEPM (ancêtre de MIVEGEC dirigé par Michel Tibayrenc) créent un Institut Fédératif de Recherche (IFR) « Dynamique de l’évolution » dirigé par Finn Kjellberg (CEFE). Un autre IFR « Montpellier Environnement Biodiversité » (MEB) toujours porté par l’ISEM et le CEFE verra le jour en 2002, dirigé par N. Pasteur et regroupera jusqu’à 17 laboratoires sur la région. L’avènement de ces fédérations de recherche à la fin des années 90 marque une dynamique nouvelle de mutualisation des plateformes et d’animation scientifique, qui s’amplifiera dans les années 2010 avec la création du LabEx CeMEB, qui en prolonge les missions.
Parmi les événements marquants de la décennie figure « Évolution 93 », le 4ᵉ congrès de la Société Européenne de Biologie Évolutive (ESEB), organisé à l’Université Montpellier 2 en 1993 à l’initiative de F. Catzeflis. L’événement réunit 870 participants venus de 55 pays. Ce succès contribue à asseoir la notoriété internationale de Montpellier dans les sciences de l’évolution.
À son retour à Montpellier en 1989, J.-J. Jaeger crée le DEA multi-sceaux (Montpellier, Poitiers, Rennes) de Paléontologie qui formera une grande partie de la très dynamique communauté des paléontologues de France. En 1995, L. Thaler laisse la direction du DEA Biologie de l’Évolution et écologie à B. Delay.
Après avoir dirigé l’ISEM et BEE, L. Thaler reste actif à son retour de l’ENS, notamment comme fondateur et directeur (1994–1998) de l’École Doctorale Biologie Intégrative.
Le 18 juin 2002, Louis Thaler disparaît brutalement dans un accident de la route. À 72 ans, le fondateur de l’ISEM demeurait une figure centrale de l’institut et restait très actif au sein de l’école doctorale. Lors de sa création en 1981, l’ISEM comptait une cinquantaine de permanents. En 2019, ils sont 158, et 272 si l’on inclut les doctorants, post-doctorants, ingénieurs et techniciens non permanents. La vitalité scientifique de l’ISEM se reflète également dans son activité de formation doctorale : entre 2014 et 2019, une quinzaine de thèses sont soutenues chaque année.
Jusqu’à la fin des mandats de Nicole Pasteur en 2006, l’ISEM conserve une organisation héritée des périodes précédentes. Le groupe de paléobotanique (Jean Galtier) rejoint, en 2001, le projet d’Atelier de Modélisation de l’Architecture des Plantes (AMAP) du CIRAD, à l’origine de l’UMR 5120 du même nom. Jean-Christophe Auffray succède à Nicole Pasteur en 2007. A partir de cette année-là, l’ISEM connaît une phase d’expansion marquée par l’intégration de plusieurs structures de recherche et l’arrivée de nouvelles tutelles (IRD, Cirad, EPHE-PSL, INRAP). L’ISEM réintègre alors le laboratoire GPIA dirigé par François Bonhomme dont les membres contribuent à la création d’un nouveau département de « Biologie intégrative ». Dans la perspective de renforcer les enjeux de valorisation, l’ISEM intègre en 2011 l’unité CAVIAR de l’IRD dirigée par Marc Legendre, spécialisée dans la diversité ichtyologique et l’aquaculture raisonnée. L’institut adopte alors une nouvelle structuration en cinq départements, ‘Génome’, ‘Diversité’, ‘Forme’, ‘Conservation-Domestication’ et ‘Environnement’, qui perdurera jusqu’en 2019. Parmi les nouveaux membres intégrant l’ISEM, Jean-Christophe Avarre deviendra en 2024 directeur du département « Écologie, Biodiversité et Fonctionnement des Écosystèmes Continentaux » de l’IRD. Lorsqu’elle devient directrice de l’institut en 2013, Agnès Mignot poursuit cette dynamique et conduit la réintégration de l’unité CBAE, dirigée par Jean-Frédéric Terral. Cette équipe fusionne avec le département « Environnement » qui devient « Paléoenvironnements », réaffirmant la réalité du dialogue passé-actuel. Pour finir, le groupe AquaTrop du Cirad, dirigé par Jean-François Baroiller, rejoint l’ISEM qui consolide son activité dans le domaine de l’aquaculture. L’arrivée, parmi ses tutelles, de l’IRD et du CIRAD renforcent les partenariats de l’ISEM avec les pays du Sud.
Cette période s’accompagne d’une profonde réorganisation des fonctions administratives. En 2007, l’ISEM se dote d’un véritable secrétariat général et d’un pôle administration-gestion, structuré et dirigé par Brigitte Zattara jusqu’en 2012, puis par Sébastien Gibert. Toujours en 2007, la Journée Des Doctorants (JDD) est créée. Organisée dès l’origine hors des locaux de l’institut, elle vise à favoriser la participation à l’ensemble des sessions pour renforcer les échanges entre départements dans un cadre convivial.
Au tournant des années 2019-2020, Agnès Mignot, devenue Directrice Adjointe Scientifique de l’INEE, transmet la direction de l’ISEM à Nicolas Galtier, ouvrant une nouvelle phase dans l’histoire de l’institut.
Au tournant des années 2000, lorsque le financement de la recherche bascule vers une logique compétitive fondée sur des appels à projets, l’ISEM est déjà préparé. Dès les années 1980, Louis Thaler encourage la recherche de financements extérieurs, dynamique renforcée en 1999 par N. Pasteur. Au début des années 1990, malgré des réticences internes, J.-J. Jaeger introduit la répartition du budget des équipes fondée sur leur production scientifique. Ces choix pionniers permettent à l’Institut de s’adapter immédiatement au nouveau contexte et de se distinguer dès les premiers appels de l’ANR (2005) et de l’ERC (2007). En 2007, J.-C. Auffray instaure un préciput sur les financements sur projets, réinvesti dans les moyens communs. L’ISEM construit alors un modèle original de financement interne, à la fois incitatif et solidaire, capable d’amortir les aléas tout en garantissant un soutien pérenne aux équipes. À partir de 2013, Agnès Mignot renforce ce dispositif en soutenant l’installation des nouveaux recrutés et poursuit la valorisation des diverses missions — formation, développement de partenariats, activités au Sud – entreprise par ses deux prédécesseurs. L’investissement au service du collectif reste ainsi pleinement reconnu.
Parallèlement, les recherches menées à l’ISEM connaissent de profondes transformations. Les grandes questions — adaptation, spéciation, innovation — demeurent mais se renouvellent par l’essor des données massives et de la bioinformatique, permettant une approche intégrée des mécanismes évolutifs, du gène à la biosphère. Les thématiques s’élargissent vers des enjeux appliqués, liés notamment au changement global et au développement durable, tandis que de nouveaux cadres émergent (évolution expérimentale, médecine évolutionniste) et que les terrains d’étude se diversifient (Amérique du Sud en Paléontologie). Ce mouvement s’accompagne d’un dialogue accru avec les sciences humaines et sociales, renforçant des approches transversales et intégratives dont la biologie évolutive humaine constitue un exemple emblématique.
Cette période est également marquée par le développement de plateformes technologiques (génotypage-séquençage, microtomographie, etc.) mutualisées à l’échelle du site montpelliérain dans le cadre de dispositif tel que l’IFR ou le LabEx. Les ingénieurs et techniciens de l’ISEM s’adaptent à ces évolutions, se forment et offrent de nouvelles technologies. Ils s’organisent en services partagés (Génomique environnementale, Bioindicateurs, Géomatique, Collections, etc.) renforçant leurs responsabilités et leur autonomie et favorisant une meilleure répartition du soutien technique et la collaboration entre équipes. Plus largement, la vie collective s’organise autour de nombreux groupes de travail, des fonctions classiques (hygiène et sécurité, correspondants formation) aux initiatives plus originales comme la COLD TEAM (veille et gestion des espaces de froid) ou encore les ateliers de qualité de vie au travail QVT, contribuant à la cohésion de l’Institut.
L’ISEM développe une stratégie active de valorisation en s’appuyant sur des partenariats industriels et la création d’outils innovants. Ses travaux en morphologie mitochondriale ont donné lieu à des logiciels d’imagerie et à des collaborations avec des entreprises de cosmétologie. Dans le domaine marin, le LabCom « Air to Sea » a permis le développement de technologies de cartographie 3D et la création d’une start-up issue de ces recherches. En diagnostic moléculaire, l’ISEM a mis au point des méthodes brevetées pour la détection de pathogènes en aquaculture, accompagnées de logiciels et de licences industrielles. L’ensemble illustre une forte capacité à transformer la recherche fondamentale en applications concrètes et valorisées économiquement.
Cette dynamique s’accompagne d’une moisson de médailles CNRS pour les membres, ex-membres ou anciens doctorants de l’ISEM : argent pour Isabelle Olivieri (2007), Denis-Didier Rousseau (2007), Stéphanie Thiébault (2008), Frédérique Viard (2017), Nicolas Galtier (2019) ; bronze pour Patrice David (2002), Laurent Marivaux (2007), Frédéric Delsuc (2010), Élise Huchard, Sonia Kéfi (2017) ; cristal pour Danielle Duzer (2002), Annie Orth (2007), Érick Desmarais (2014).
Durant la même période, plusieurs membres de l’ISEM sont lauréats de l’Institut Universitaire de France (IUF) : Isabelle Olivieri (sénior, 2008), Adam Ali (junior, 2015) et Pierrick Labbé (junior, 2018) ou d’autres prix, comme le prix Descartes-Huygens de l’ambassade des Pays-Bas décerné à Isabelle Olivieri (2002), le prix Mottart de l’Académie des Sciences décerné à Mylène Weill (2017).
À partir des années 2000, les politiques nationales d’excellence (Programme Investissement d’Avenir (PIA), France 2030) favorisent la structuration de la recherche à l’échelle des sites et les rapprochements entre établissements, organismes et laboratoires. Dans ce contexte, l’ISEM s’affirme comme un acteur central à Montpellier, en nouant un partenariat stratégique avec le CEFE fondé sur de fortes convergences scientifiques. Cette dynamique se concrétise notamment par la création en 2010 du LabEx CeMEB (Centre Méditerranéen Environnement Biodiversité), porté en par Jean-Dominique Lebreton (CEFE) dans la continuité de l’IFR Montpellier Environnement Biodiversité créé par Nicole Pasteur en 2002. Pendant quinze ans, CeMEB qui rassemble jusqu’à dix unités, est successivement dirigé par des membres de l’ISEM (Agnès Mignot et Pierre Boursot), du CEFE (Philippe Jarne et Eric Garnier) et de MARBEC (Rutger DeWitt). CeMEB soutient la recherche, la formation et la mutualisation de douze plateformes, dont cinq sont hébergées à l’ISEM. L’institut participe également au LabEx CEBA (Centre d’Étude de la Biodiversité Amazonienne). Quand l’Université de Montpellier obtient le label I-SITE MUSE (Montpellier Université d’Excellence) et structure ses priorités scientifiques autour de laboratoires d’excellence internes, les « Key Initiatives of MUSE » (KIM), l’ISEM est fortement impliqué dans la KIM « Data Life Sciences » illustrant son ancrage dans la communauté montpelliéraine Bio-Math-Info. L’institut devient également membre fondateur de l’ Observatoire de Recherche Montpelliérain de l’Environnement (OREME), créé en 2007 par Nicolas Arnaud (Géosciences Montpellier), qui soutient et structure l’acquisition et la diffusion des données environnementales à l’échelle du site de Montpellier.
Lors de ces deux décennies, la formation reste un pilier essentiel de l’activité de l’ISEM. Les DEA « Biologie de l’Évolution et Écologie » et « Paléontologie » deviennent, avec la réforme LMD (2004), les parcours « Darwin » et « Paléontologie/paléoenvironnement » du Master Biologie Écologie Évolution. Ils continuent de former des générations de chercheurs dans ces domaines sous les directions successives de membres de l’ISEM, Michel Raymond, Agnès Mignot et Emmanuel Douzery, pour « Darwin », et Jacques Michaux, Dominique Jolly, Monique Vianey-Liaud, Laurent Marivaux, Fabrice Lihoreau et Sylvain Adnet pour la paléontologie. L’ouverture internationale se renforce avec la création en 2010 par Isabelle Olivieri du master Erasmus Mundus en Evolution (MEME) avec les universités de Munich, Gröningen, Upsala, Harvard et Montpellier. A l’Université, les enseignants-chercheurs de l’ISEM assument la responsabilité de nombreuses formations ou départements d’enseignement. En 2000, Monique Vianey-Liaud devient Directrice de la Recherche et des Études Doctorales (DRED) de l’université, tandis que Bernard Godelle prend la tête de l’école doctorale SIBAGHE en 2007 avant de devenir vice-président chargé de la recherche de l’Université Montpellier 2 en 2012.
Vingt-cinq ans après « Évolution 93 », la communauté montpelliéraine de biologie évolutive organise à Montpellier le congrès international « Évolution 2018 », sous l’impulsion d’Ophélie Ronce (ISEM) et d’Ioannis Michalakis (MIVEGEC). L’événement réunit au Corum les quatre grandes sociétés savantes du domaine (ESEB, ASN, SSE et SSB) et près de 2 700 participants. « Évolution 2018 » est dédié à la mémoire d’Isabelle Olivieri, disparue deux ans plus tôt. Ancienne présidente de la Société Européenne de Biologie Évolutive (ESEB), elle reste une figure centrale de l’écologie évolutive et de l’ISEM. L’année suivante, Janice Britton-Davidian, pionnière des études de spéciation chromosomique et membre fondateur de l’institut, s’éteint à son tour. Leur disparition marque profondément l’ISEM, tant elles ont compté dans son développement scientifique et humain. Leur trajectoire s’inscrit dans une lignée remarquable de femmes qui ont façonné l’histoire de l’institut, parmi lesquelles Nicole Pasteur, figure tutélaire et chercheuse d’exception, Monique Vianey-Liaud, Agnès Mignot, Ophélie Ronce, Mylène Weill et bien d’autres. Dès son origine, l’ISEM s’est affirmé comme un lieu où les femmes ont pu mener des carrières scientifiques de tout premier plan. Cet héritage demeure vivant et continue d’inspirer les générations actuelles et futures.
En 1974, Louis Thaler, professeur de paléontologie à l’Université des Sciences et Techniques du Languedoc-Roussillon (USTL-Montpellier 2, Montpellier) ayant séjourné aux Etats-Unis dans les années 60, initie la première structuration pluridisciplinaire de la recherche en sciences de l’évolution en France.
Saisissant la portée scientifique et historique de la théorie synthétique de l’évolution amorcée aux Etats-Unis et en Grande-Bretagne, et convaincu de l’importance de mettre en lien des disciplines encore très cloisonnées pour comprendre l’évolution biologique, il crée le Centre de Recherches sur l’Évolution & de ses Mécanismes (CEREM), structure « hors-mur » qui met en lien des personnels de l’Université, de l’EPHE et du CNRS présents sur les campus de l’Université et du CNRS à Montpellier, spécialisés dans la paléontologie, la paléobotanique, la palynologie, la génétique, l’écologie et la biogéographie ou la biologie des organismes.
En 1974, Louis Thaler, professeur de paléontologie à l’Université des Sciences et Techniques du Languedoc-Roussillon (USTL-Montpellier 2, Montpellier) ayant séjourné aux Etats-Unis dans les années 60, initie la première structuration pluridisciplinaire de la recherche en sciences de l’évolution en France. Saisissant la portée scientifique et historique de la théorie synthétique de l’évolution amorcée aux Etats-Unis et en Grande-Bretagne, et convaincu de l’importance de mettre en lien des disciplines encore très cloisonnées pour comprendre l’évolution biologique, il crée le Centre de Recherches sur l'Évolution & de ses Mécanismes (CEREM), structure « hors-mur » qui met en lien des personnels de l’Université, de l’EPHE et du CNRS présents sur les campus de l’Université et du CNRS à Montpellier, spécialisés dans la paléontologie, la paléobotanique, la palynologie, la génétique, l’écologie et la biogéographie ou la biologie des organismes.
