L’introgression désigne le phénomène de transfert de matériel génétique d’un taxon (souvent une espèce ou une population) dans le patrimoine génétique d’un autre par hybridation puis rétrocroisements successifs. Si l’introgression apporte un avantage sélectif au taxon receveur, on parle alors d’introgression adaptative (AI). Dans ce contexte, ma thèse vise à développer et à tester différentes approches méthodologiques pour identifier les régions sous introgression adaptative. Dans un premier temps, je développerai une méthode d’inférence basée sur la simulation explorant les variations du niveau d’introgression entre régions nucléaires neutres et adaptatives. Dans un deuxième temps, je concevrai une méthode inférentielle pour identifier directement les régions sous IA. L’analyse des données génomiques du complexe d’espèces de lézards (Podarcis) s’hybridant dans la péninsule ibérique me permettra de tester les différentes méthodes développées sur un jeu de données réel.