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Élisa Henrion-Gueneau

Doctorant·e
Université de Montpellier

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Sujet de thèse: Méthodes rapides et fiables pour le méta-assemblage de génomes basées sur des critères de qualité.
De plus en plus de biologistes séquencent leur espèce d’étude et utilisent des logiciels d’assemblage pour reconstruire le génome de l’espèce étudiée. Cependant, le problème de l’assemblage étant NP-difficile et APX-difficile, ces méthodes sont des heuristiques et produisent en résultat des génomes de qualité diverse. Afin d’améliorer la fiabilité et la qualité des assemblages, une des solutions est de faire du ‘méta-assemblage’ (combiner plusieurs assemblages d’une même espèce). Plusieurs méthodes existent déjà mais ne combinent pas tous les critères attendus par les biologistes : indice de qualité explicite, rapidité d’exécution… Dans le cadre de cette thèse, le but est d’évaluer la qualité des assemblages (critères de qualité, méthode de comparaison des assemblages), puis de définir une méthode pour fusionner deux assemblages afin de fournir un assemblage de meilleur qualité, selon les critères définis. Et enfin évaluer les possibilités d’extension de cette méthode de fusion à plusieurs assemblages. Le point central de ce travail est de mettre au point une méthode rapide et fiable car le volume de données à prendre en entrée est considérable (ex : génome humain 300Go/assemblage).

Mots-clés :

Bioinformatique – Assemblage de génomes – Algorithmique – Optimisation – Génomique comparative

Directeur·ice(s) de thèse :

Anne-Muriel Arigon-Chifolleau (LIRMM)
L’Institut des Sciences de l’Evolution de Montpellier (ISEM) (Université de Montpellier, CNRS, IRD, EPHE, CIRAD, INRAP) développe des recherches qui portent sur l’origine et la dynamique de la biodiversité, et sur les modalités et les mécanismes de son évolution.