Mon travail se focalise sur les mécanismes écologiques et biologiques sous-jacents à l’émergence des pathogènes zoonotiques. Je m’intéresse à la diversité génétique des souches disponibles dans l’environnement aquatique, la sélection de souches virulentes et leur transmission entre l’animal et l’homme dans un contexte de changements globaux, tels que la déforestation, l’urbanisation, les changements climatiques, l’intensification de l’aquaculture et les invasions biologiques. Pour développer ces approches OneHealth/EcoHealth d’émergence des maladies infectieuses, j’utilise divers outils tels que l’eDNA, la génomique et la biogéographie.
Mes recherches s’organisent autour de divers projets liés à la biodiversité et à la santé:
(i) l’émergence de maladies infectieuses humaines zoonotiques, telles que l’ulcère de Buruli causée par des mycobactéries environnementales en Guyane et en Côte d’Ivoire (ANR PRIME, CEBA MicroBIOMES)
(ii) la dynamique épidémiologique du COVID-19/SRAS-CoV-2 dans les eaux usées en Guyane (ANR EPI-COV)
(iii) L’émergence de pathogènes fongiques dûe aux invasions biologiques dans les aquacultures d’eau douce et les écosystèmes sauvages en Asie et en Méditerranée (ROSETTA)
(iv) L’émergence de pathogènes des poissons et la résistance aux antimicrobiens dans les aquacultures d’eau douce au Cambodge et au Vietnam (FSPI AquaCam)