L’ISEM est rattaché à divers pôles, départements ou instituts scientifiques de ses différentes tutelles (Université de Montpellier: pôle Agriculture Environnement Biodiversité (AEB); CNRS: Écologie & Environnement (InEE) (avec également des personnels associés aux instituts Biologie, Terre & Univers, Sciences humaines & sociales, Sciences informatiques); IRD: EcoBio; EPHE: Sciences de la Vie et de la Terre; Cirad: PerSyst). L’institut participe également à de nombreuses structures et projets structurants au niveau local, régional, national et international comme le Projet Thématique Long “Biodiversité, écologie, évolution” du pôle AEB de l’Université de Montpellier, les Unités d’Appui et de Recherche du site montpelliérain (Montpellier Écologie Évolution Biodiversité (MEEB), OSU OREME, Biocampus), des défis-clés Région Occitanie (BiodivOC, RIVOC et Sciences du passé), la Zone Atelier Santé et Environnement en Camargue, le LabEx CEBA, et de nombreux GDRs.
