L’ISEM est rattaché à divers départements scientifiques ou instituts de ses différentes tutelles (UM: B3ESTE; CNRS: INEE (avec également des personnels associés à l’INSU, INSHS, INS2I, INSB); IRD: EcoBio; EPHE: SVT; Cirad: PerSyst), et participe à de nombreuses structures locales et nationales (LabEx CeMEB, LabEx CEBA, le pôle Agronomie-Environnement-Biodiversité de l’I-site MUSE, OSU OREME, défis-clés Région Occitanie BiodivOC et RIVOC, GDRs, FRB, sfe2).
